民心學校毗鄰香港科技大學（廣州），二者皆為廣州南沙《粵港澳全面合作示範區》的重點建設項目，都將為大灣區發展全面教育合作發揮重要引領作用。為充分發揮兩校在各自教育層面的資源優勢，在人才培養、科技創新等方面深度合作協同，雙方建立合作夥伴關係，就共用兩校資源、合作培養人才、共同推動科技創新等達成合作夥伴協議。
港科大（廣州）的教授及研究生將不時進入民心校園作專題演講、分享及作專題指導，並善用大學優勢，讓學生在不同領域，包括人工智能、大數據、金融科技、生物科技、物聯網、無人駕駛、機械人、先進材料、智能製造、微電子等有所進益。學校並透過與科大（廣州）建立YSS（Young Scientist Scheme）及 YES（Young Entrepreneur Scheme）等計劃，讓學生有機會體驗高校校園生活及參加相關主題的工作坊，提升學生的創新科技能力及企業精神。港科大（廣州）支持本校定期舉辦創科薈萃（STEAM Fair），舉辦學生交流活動、工作坊、專題講座、創科比賽及教師培訓等，並廣邀香港、澳門及大灣區其他城市的學校參加。港科大（廣州）接受民心學校的優秀學生到大學選修課程並給予學分認可；並在政策允許招收國際生和港澳臺學生的情況下，根據辦學規模的發展和學校錄取標準，逐步接受民心每年透過“校長推薦計畫”推薦至多10名學生入讀。民心學校亦會優先安排港科大（廣州）教職員工子女入讀及對大學招收本科生的工作給予宣傳等方面的協助和支援。